Le chef d’état-major Gaby Ashkenazi, qui accompagnait le premier ministre, a surenchéri, félicitant les soldats ayant participé au raid sur le Mavi Marmara, « navire amiral » de la flottille, à bord duquel se trouvaient les neuf tués. « Vous avez tiré sur ceux sur lesquels vous deviez tirer, et évité de tirer sur ceux sur qui vous n’étiez pas censés tirer », a-t-il déclaré aux soldats.
L’armée israélienne, qui a diligenté une enquête interne sur cet assaut sanglant, a reconnu en juillet des « erreurs à un échelon relativement supérieur » lors de la planification et de l’exécution. « Nous sommes aussi parvenus à des conclusions très positives, en particulier sur la conduite courageuse et très professionnelle des commandos israéliens. Ils ont seulement utilisé la force quand leur vie était en péril immédiat », avait assuré le responsable de cette enquête, le général de réserve Giora Eiland.
Le gouvernement israélien a également formé en juillet une commission qui compte deux observateurs internationaux, chargée d’examiner les aspects juridiques de l’arraisonnement au regard du droit international. Le résultat des travaux de cette commission ainsi que ceux de l’enquête militaire doivent ensuite être soumis à un groupe d’experts des Nations unies désignés par le secrétaire général de l’organisation internationale, Ban Ki-moon.
